魏晋南朝，门下官员已经定员、定职并定秩，但依然保留着东汉时作为皇帝亲近侍从的身份特性。《晋书·职官志》云：“侍中，……魏晋以来置四人，别加官者则非数。掌俱赞威仪，大驾出则次直侍中护驾，正直侍中负玺陪乘，不带剑，余皆骑从。御登殿，与散骑常侍对扶，侍中居左，常侍居右。备切问近对，拾遗补阙。”皇帝无论是临朝、出巡，还是参加祭祀、典礼，以侍中为代表的门下官员都负责侍从、保卫以及“切问近对”等工作，这其实是前代旧例的延续。

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与汉代不同的是，除了日常的工作外，侍中已经从东汉处于“切问近对”的被动地位，逐渐发展到有机会“拾遗补阙”，纠正君主阙失的主动地位。这一改变，使侍中能凭借与君主的亲近关系，影响到君主决策的最后定夺。

魏末晋初，开始有了“门下省”这一专门的官署名。嘉平六年（254年），司马师废齐王曹芳，立曹髦为帝，并改“侍中寺”为“门下省”。《唐六典》云：“初，秦、汉置侍中曹，无台省之名，自晋始有门下省。历宋、齐、梁、陈、后魏、北齐、隋、国初皆曰门下省。”自此，门下省作为专门官署的名称终于被确定了下来，并历经南北朝至隋唐而不变。侍中寺改名“门下省”，是侍中取得总统门下众事地位的标志。

曹魏建国，承袭东汉旧制，门下的主要职权仍以“省尚书事”为主，称“平尚书事”。与东汉稍有不同的是，“平尚书事”的工作同时也由散骑省诸官分任。《宋书·百官志下》云：“魏、晋散骑常侍、侍郎，与侍中、黄门侍郎共平尚书奏事，江左乃罢。”可知当时侍中、黄门侍郎、散骑常侍、散骑侍郎均任平尚书事。

所谓“平”就是“评议”，“平尚书事”实际是对尚书章奏行使封驳权，近似于西汉的“领尚书事”的发副封权。所谓封驳权，是指对官员递交给尚书台的章奏进行评审与驳正，如果评审通过，则弥封上呈君主，如果内容不合，则予以驳正或直接扣下不呈。从曹魏至南朝，门下官员一直掌握着“平尚书事”的权限，并且不断加强。

北朝方面，门下省职权的发展也与南朝大体相若。《魏书》卷九《肃宗纪》记熙平二年（517年）八月丁未，“诏侍中、太师、高阳王雍入居门下，参决尚书事”，正光四年（523年）九月丁酉“诏侍中、太尉、汝南王悦入居门下，与丞相、高阳王雍参决尚书奏事”。显然，“参决尚书奏事”就是南朝的“平尚书奏事”，不管是南朝或是北朝，其职权均归门下省所行使。魏晋南北朝时，门下机构一直拥有对尚书章奏进行封驳的权力，直至隋唐，封驳权一直是门下省最重要的一项职权。

事实上，魏晋时门下省对尚书章奏行使封驳的权力范围非常广泛，可对包括刑狱、选举等在内的事务进行封驳。不仅如此，门下省行使封驳权往往不只限于尚书章奏。正因为门下封驳的范围很广，所以皇帝常常将一些待议之事交给门下决议。

门下省还可以对中书代表君主下达的诏令进行封驳。《晋书》卷七十五《王湛附孙坦之传》载：“简文帝临崩，诏大司马温依周公居摄故事。坦之自持诏入，于帝前毁之。帝曰：‘天下，傥来之运，卿何所嫌！’坦之曰：‘天下，宣元之天下，陛下何得专之！’帝乃使坦之改诏焉。”知简文帝下诏让桓温依周公先例摄政固然是出于无奈，王坦之在皇帝面前毁诏也可能有一时激愤的成份，但他以侍中的身份反对简文帝的诏令，实际上是行使其封驳权，属于驳封。

《隋书》卷二十六《百官志上》记陈朝授官之制云：“其有特发诏授官者，即宣付诏诰局，作诏章草奏闻。敕可，黄纸写出门下。门下答诏，请付外施行。又画可，付选司行召。”陈朝的诏诰局相当于魏晋时的中书省。诏诰局起草的诏令经皇帝认可，用黄纸写出送至门下审核，门下认为可行后才答诏，并送有司施行。这个程序，与唐代“中书取旨，门下审覆，尚书受而行之”的三省分权制度极为相似。北朝的情况与此类似，也有一套门下审覆诏令的制度。

南北朝时门下省的职权地位比起东晋时已经得到了极大的强化，同时也表明东晋之后，君主下达诏令必经门下省已经成为一项南北通行的重要制度。但相较于尚书省而言，门下省的职权也远不能与其比肩。西晋初荀勖曾说：“昔六官分掌，冢宰为首，秦汉公卿赞，以丞相、御史为冠。今者，尚书令总此三者。”《通典》亦言：“魏晋以下，任总机衡，事无大小，咸归（尚书）令仆。”可见门下省虽然已经拥有了封驳权，但其地位仍然远逊于尚书省。

即便到宋、齐、梁、陈四朝，门下省的职权己经制度化，但尚书省一直被视为政本，而录尚书事、尚书令、仆等职也是公认的宰相。但不管如何，封驳权的行使，表明魏晋南朝时门下省已经真正有了章奏与诏令的审覆权，同时也在制度上确立了门下省作为中央核心机构的地位，并奠定了后世侍中成为宰相的权力基础。不过，魏晋南北朝门下省的地位与职权相比汉代虽然有很大的提高，但以侍中为首的门下官员在本质上依然属于君主的侍从，并未真正脱离汉代内侍的性质。